A manutenção administrativa do CISA é realizada através do rateio do custo operacional, proporcional a população de cada município (per capta), enquanto que o custeio dos serviços especializados de saúde é realizado com verbas Estaduais, Federais e em sua maior parte, verbas Municipais.
Por ser um órgão público, pertencente a Administração Pública Indireta, o CISA está sujeito à fiscalização contábil, operacional e patrimonial pelo Tribunal de Contas do Estado do Paraná, bem como cumprir a Lei 11.107/2005 (Lei Federal dos Consórcios Públicos).
